Tổ chức Bộ Tư lệnh Vùng 5 Hải quân nhân dân Việt Nam
Phòng Tham mưu: TMT - Đại tá Phạm Quang Vinh. Phòng Tham mưu phụ trách các ban: Tác chiến, Thông tin, Cơ yếu, Quân lực, Quân huấn, Hàng hải, Radar và Đại đội 20 Thông tin, Đại đội 21 Vệ binh vùng. Trực tiếp phụ trách và chỉ đạo các hoạt động tham mưu, quân sự quốc phòng cho Bộ tư lệnh vùng.
Phòng Chính trị: Chủ nhiệm chính trị: Đại tá Lê Văn Hưởng, Phó Chủ nhiệm chính trị: Đại tá Nguyễn Đức Cầu, Đại tá Trịnh Văn Lâm. Phòng Chính trị phụ trách các ban: Tuyên huấn, Chính sách, Đối ngoại...trực tiếp phụ trách và chỉ đạo hoạt động tổ chức Đoàn thanh niên, Hội phụ nữ vùng, thư viện vùng cùng các hoạt động công tác Đảng, công tác chính trị trong toàn vùng.
Phòng Hậu cần: Phụ trách chỉ đạo các hoạt động hậu cần, cung cấp trong toàn vùng. Gồm các ban: Quân y, Quân nhu, Xăng dầu, Doanh trại, Tài chính,...phụ trách và chỉ đạo hoạt động của Bệnh xá Quân dân y 78.
Phòng Kỹ thuật: Chủ nhiệm kĩ thuật: Đại tá Nguyễn Huy Đoàn. Là cơ quan tham mưu chỉ đạo các hoạt động bảo đảm kĩ thuật cho toàn vùng. Gồm các ban: Tiêu chuẩn - Đo lường - Chất lượng, Đảm bảo hàng hải...trực tiếp phụ trách xưởng X58 Hải quân
Lữ đoàn Tàu tên lửa 127: Được thành lập theo Quyết định số 414/QĐ-BQP ngày 27.5.1978 của BQP về việc thành lập Hải đoàn 127 hải quân. Tới ngày 12.2.1979, tiếp tục được nâng cấp thành Lữ đoàn 127 thuộc Vùng 5 Duyên Hải. Lữ đoàn trưởng: Trung tá Mai Đăng Danh, Chính ủy Lữ đoàn: Thượng tá Lê Văn Hưởng. Là quả đấm thép của Vùng 5 hải quân, gồm các tàu vận tải, tàu tiếp tế, tàu chiến đấu thuộc biên chế Hải đội 511 và Hải đội 512. Khối cơ quan Lữ đoàn gồm Phòng Tham mưu, Phòng Chính trị, Phòng Hậu cần và Phòng Kỹ thuật.
Lữ đoàn Tàu chiến đấu 175: Là đơn vị mới thành lập năm 2021, đóng quân tại căn cứ huyện Năm Căn, tỉnh Cà Mau.
Tiểu đoàn Công binh 556.
Tiểu đoàn Hải quân đánh bộ 563: Đơn vị chủ lực của vùng 5 hải quân. Làm nhiệm vụ cơ động lực lượng, đảm bảo chiến đấu. Gồm các đại đội: 25, 26, 27. Đây là đơn vị AHLLVTND của Vùng.
Tiểu đoàn Radar 551: gồm các trạm ra đa: 595, 600, 605, 510, 615.
